De raad van toezicht is de interne toezichthouder van het Commanderij College. De raad heeft een adviserende en toezichthoudende taak op het College van Bestuur en is tevens de werkgever van het College van Bestuur.
De leden van de raad van toezicht hebben recht op vergoeding van gemaakte kosten in de uitoefening van hun functie en een vergoeding voor het voorbereiden en bijwonen van vergaderingen.